दशौं राष्ट्रिय महाधिवेशनपछि एमाले इतिहासमै सबैभन्दा बढी गुटबन्दीमा अल्झिएको दाबी गर्दै थापाले शीर्ष नेताहरूको नाम लिँदै आफ्नै स्वार्थ साध्न देशभर गुटहरूलाई प्रश्रय दिइएको आरोप लगाएका हुन् ।
उनको भनाइमा, पार्टीको मूल नेतृत्व र नीतिमा मतभेद नभए पनि अध्यक्ष र महासचिवका भनाइलाई आधार बनाएर तल्लो तहसम्म आफ्ना स्वार्थका रोटी सेक्ने प्रवृत्तिले पार्टी कमजोर भएको छ । थापाले लेखेका छन्, "पार्टी कार्यालयमै बसेर देशभर गुटलाई प्रश्रय दिने काम भएको छ । केही सीमित मानिसहरू पार्टीका आधिकारिक व्यक्ति बन्ने र अरूलाई दोस्रो दर्जाको सदस्यजस्तो व्यवहार गर्ने गलत प्रवृत्ति हाबी भएको छ ।"
थापाले आफू विचारको निरन्तरतामा रहेको र विगतदेखि नै लोकतान्त्रिक मूल्य र मान्यता पक्षधर रहेको उल्लेख गर्दै गुटबन्दीको अन्त्य नै एमालेलाई निर्णायक राष्ट्रिय शक्ति बनाउने उपाय भएको तर्क गरेका छन् ।
उनले थप लेखेका छन्, "दशौं महाधिवेशनपछि हालसम्मको अवस्थालाई हेर्ने हो भने पार्टी गुटबन्दीमा झनै फसेको छ । पहिले पार्टी नीतिगत बहसका कारण विभिन्न मत हुन्थे, अहिले नीति र विचारमा मतभेद छैन, तर नेताको नाम लिँदै स्वार्थपूर्ति गर्ने अभ्यास बढेको छ ।"
थापाले जनताको बहुदलीय जनवादले पार्टी निर्णयलाई केही निश्चित व्यक्तिको सल्लाहबाट होइन, सामूहिक प्रक्रियाबाट लैजाने मार्ग देखाएको भन्दै त्यस अनुरूपको व्यवहार हुन नसकेकोमा चिन्ता व्यक्त गरेका छन् ।
उनका अनुसार, एमालेभित्र आन्तरिक लोकतन्त्रको अभ्यास खस्किँदै गएको छ र खासखास समयहरूमा नेतृत्व चुकिरहेको छ । उनले भनेका छन्, "एमालेलाई निर्णायक शक्ति बनाउने हो भने गुटबन्दी अन्त्य नगरी विकल्प छैन ।"